接种hpv疫苗没有长期副作用。较常见副作用是注射位置胀痛、红肿、头痛、眩晕、恶心或轻度发烧等，但都是轻微和短暂的，一般几小时或几天内即自行消失。
接种9价hpv疫苗副作用：
所有的药物，包括疫苗，都有副作用，尽管不会发生在所有人身上。
HPV疫苗接种后的反应和别的疫苗差不多。
最常见的接种9价hpv疫苗副作用就是，疼痛，打针的地方红，或者红肿。
出现的概率大概1/5 -1/4，不过都是暂时性的。是免疫系统在作出反应的表现。可以冷敷，如果有必要的话，也服用对乙酰氨基酚止痛。
更严重的副作用，比如出现过敏反应是非常罕见的，大概百万分之三，和其他用于儿童和青少年的疫苗出现过敏反应的概率差不多。
过敏通常发生在注射后的10分钟内，通常是因为对疫苗中的某种成分过敏。一般来说，在注射疫苗后都在诊所或者医院多呆上10-15分钟，以确保不出现过敏反应。如果出现过敏，能及时反馈给诊所，并得到及时的救治。